可以说，昆阳一战正式敲响了王莽政权的丧钟。但刘氏兄弟声名的壮大，也引起了更始帝刘玄，尤其是其身后的绿林军将领的忌惮。不到一年，这位惴惴不安的皇帝便迫不及待地找了个罪名，杀了刘秀的大哥兼主心骨刘演，把刘秀推向了孤立无援的境地。
面对这种非常之痛，一般人难免会拍案而起。但出人意料的是，饱读诗书的刘秀，却没有愤怒，他几乎平静地接受了现实，甚至赶紧跑到宛城请罪。刘玄的部下去迎他，安慰他，他竟表示过错在自己，不讲昆阳的战功，不为哥哥服丧，相反若无其事，饮食言笑与平常一样。
刘秀的表现，反倒让刘玄感到惭愧。之后，刘玄没有听从部下的建议继续绞杀刘秀，反而拜他为破虏大将军，封武信侯。刘秀躲过一劫。
但是刘玄不知道，刘秀并不是心中无恨。每当独居，他总是不喝酒、不吃肉，以此寄托对兄长的哀伤。
终为一代帝王
更始元年(23年)九月，刘玄麾下的军队势不可挡，相继拿下长安与洛阳，王莽死于混战，新朝灭亡。
刘玄决定将都城迁往长安。同时，为了防备刘秀做大，他先是命刘秀前往洛阳修整宫府，后派他代表朝廷，到河北一带宣示朝廷旨意。之后，为夺刘秀手中的兵权，还派使节到河北封刘秀为萧王，并命令刘秀停止一切军事行动，与有功将领一起应诏去长安。刘秀对这种削势夺权的意图自然明了，自此，两人的裂痕开始明朗。
值得一提的是，起义军的共同目标王莽死后，天下依然四分五裂，“帝王满天下”。不仅农民起义军有绿林、赤眉之分，皇帝更是形形色色。除更始皇帝刘玄，还有东方皇帝刘永、蜀中皇帝公孙述、舒城皇帝李宪、匈奴立的皇帝卢芳，等等。这些人各据一方，自立为王，互不想让。
更始二年(24年)秋天，一支赤眉军突然进兵长安，剑指更始帝刘玄。刘秀从中看到渔翁得利的机会。就在赤眉军迅猛进军之时，刘秀急速布置重兵，伺机夺取关中，窥视洛阳。
建武元年(25年)六月，刘秀在众将拥戴下，于河北鄗城(今河北省邢台市柏乡县固城店镇)的千秋亭即皇帝位。为表重兴汉室之意，刘秀建国仍然使用“汉”的国号，史称东汉或后汉。当年十月，定都洛阳。
几乎就在刘秀称帝的同时，攻向长安的赤眉军拥立另一个傀儡刘盆子为帝，与刘玄开战。更始皇帝刘玄，本是没落贵族，并无本事。很快，长安城破，刘玄被绞死。荣登大宝的刘秀正式登上了大汉朝的历史舞台。
此后12年，刘秀领兵南征北战，扫平大大小小的“土皇帝”，终于在建武十二年11月，即公元36年，结束了豪强割据的局面，使中国再次走向了统一。