于正从出道以来，就是一名颇具争议性的制作人，常因为发表各种言论而备受争议。包括他的抄袭、被打还有炮轰别的明星，只捧自己的新人等等这些，都获得了不少关注度。
不过他在制作上还是颇为用心，异常关注市场和观众的动向，深谙营销之道，专业能力在业内首屈一指。
人物争议：
1、颠覆原型
于正编剧的作品经常因为违背历史原型或者小说原著而备受争议。2013年2月，改编自金庸武侠巨作的《笑傲江湖》在湖南卫视和乐视网同步播出。剧中，陈乔恩饰演的东方不败变成女人身，抢足了风头，俨然从原著中的配角变身新版中的女主角。
在不顾观众连番差评之下仍力捧艺人袁姗姗，让她接连担纲各剧女主角，定位为“袁姗姗不演配角、不客串”，“袁姗姗会是第二位范冰冰”。
2、抄袭事件
2014年4月于正的《宫》系列电视剧《宫锁连城》在湖南卫视热播，引起网友热议。
2015年4月8日9:30，北京高院公开审理陈喆诉余征（笔名：于正）等侵害著作权上诉案。
2014年4月15日下午2点许，琼瑶指正于正《宫锁连城》大量抄袭《梅花烙》剧情并列举出多出证据。
2014年5月27日从北京市第三中级人民法院获悉，琼瑶已于27日上午向该院提交起诉状，起诉于正及相关影视公司等五被告著作权侵权，并索赔2000万元。
2014年12月25日台湾作家琼瑶诉大陆编剧于正及4家影视公司侵害著作权纠纷一案，25日在北京市第三中级法院宣判，法院认定于正创作的《宫锁连城》构成侵权，被判公开道歉；判令4家公司停止复制、发行、传播该剧；5被告赔偿共计人民币500万元。
2014年12月25日，悬疑小说作家周浩晖发表微博宣布自己将要就于正新剧《美人制造》涉嫌抄袭自己的小说《邪恶催眠师》一事将于正告上法庭。周浩晖上传20多位网友表示《美人制造》的29-30集剧情抄袭《邪恶催眠师》的微博截图。
2016年3月17日，江苏省扬州市中级人民法院开庭审理江苏扬州作家周浩晖起诉于正一案：在于正担任编审、制片人的电视剧《美人制造》第29集、第30集抄袭了其小说《邪恶催眠师》，要求该电视相关制作公司及于正赔偿83万余元。
3、被打事件
2013年3月，一组疑似于正被打实拍图片在网络传播。于正工作室就此事发表声明，承认于正就是图片中被打的受害者，施暴者是一名演员，二人本来相约在咖啡厅商谈工作事宜，不料该名演员借机挑衅并暴力相向。于正工作室谴责暴力行为，并已经报警，希望目击者也能去警方处作证协助调查。
于正工作室随后就此事发表声明，承认于正被打，施暴者是演员沈泰，并怒斥打人者上戏不成诉诸暴力，并指其有恶意炒作之嫌。随后，沈泰微博承认打了于正，但否认炒作。于正发表微博首度公开回应此事，直指沈泰为戏炒作，并称帮过不少人，不介意换个形式再帮一次。
4、疑炮轰林心如
于正与林心如曾因《倾世皇妃》是否抄袭山寨《美人心计》等问题闹翻。于正还在公开场合称林心如借他咸鱼翻身，引起口水战。2014年10月，于正又在某综艺节目中称“非常讨厌一个人，是台湾的，女性，过气了，又被我做红了。”疑指林心如。
于正带着《美人制造》的杨蓉和金世佳做客综艺节目《偶像万万碎》，当被主持人问到“娱乐圈最讨厌的人”时，于正表示他最讨厌扮演白莲花、其实是麻辣烫的人，就是表面温顺，骨子里两面三刀的人。但其实自己似乎人品差到极致，比之更可耻。
5、抄袭案后首亮相
2015年3月21日，电视剧《帝国黄昏》在北京恭王府举办发布会，这是于正与琼瑶著作权官司判决后的首度公开露面。发布会中，于正表示希望自己能够进入一个新的领域，在自己旧领域里故步自封，没有什么特别大的进步，想通过跟胡玫导演的合作，改编雪珥老师的原著，本身这个过程就是一个学习的过程。
6、抄袭案终审败诉
2015年12月，于正抄袭案终审败诉，于正被判公开道歉，并停止传播《宫锁连城》，五出品方被告共计赔偿500万元。
北京市高级法院2015年12月18日就台湾作家琼瑶起诉大陆编剧于正侵权一案作出终审判决，法院驳回于正等5名被告的上诉请求，维持原判。
北京市高级法院最终认定，大陆热播剧《宫锁连城》侵犯《梅花烙》的改编权和摄制权，判令于正等5名被告公开道歉，停止传播《宫锁连城》，五出品方共同赔偿原告琼瑶500万元人民币。