方舟子与崔永元的结仇，自转基因食品大战之后，迅速不断升级。崔永元称，最反感方舟子搞文革和强权，为了这一点，崔永元被逼成了土匪。崔永元质疑转基因，被不少人称赞为有勇气，具有最基本的科学质疑精神。
美国当地时间2013年12月8日到12月18日，崔永元走访了美国的洛杉矶、圣地亚哥、芝加哥、斯普林菲尔德、西雅图、戴维斯6个地区，对美国的专家学者和普通民众等近50个人进行了访问，到美国的商场、农场、转基因实验室等地走访拍摄，专程采访了全美搞农业研究最好的加州大学戴维斯分校相关负责人。除科学家外，纪录片还采访了民间协会、普通家庭、医生、患者等不同人群。
2014年3月1日，崔永元自费赴美拍摄制作的关于转基因的纪录片《小崔考察转基因》终于上线。该片时长1个小时，崔永元为纪录片做旁白解说。片子没有过多的修饰，开篇便直奔主题—崔永元奔走于美国的超市，向美国民众询问对转基因食品的认识。该片从“转基因是否安全，有没有争议？”“转基因作物、食品是否安全？”“草甘磷有毒吗？”等问题入手，通过各方意见的表达和实地采访，试图反映“转基因”在美国的情况。
看过崔永元转基因纪录片的朋友说说看，这个纪录片到底说明了什么问题？有哪些有意义的成果？他和方舟子谁才是赢家？
大多数网友还是支持崔永元，认为片子非常具有警醒作用，更多人则是为其“自费100万”的公益行为叫好。
中国科学院研究员蒋高明认为，崔永元的纪录片至少具有参考价值，“其中一段非常有意思的对话，大意是说，当美国公司劝说美国人放心吃转基因的时候，说中国人吃了很多年转基因没有事；而在中国变成科学家和官员向消费者解释，美国人吃了20多年转基因至今没有事。说转基因没有问题的，全球的声音几乎一致，背后总有转基因公司的影子；而质疑转基因的则来自不同群体的声音，不乏大量科学家的声音，他们没有任何利益在其中，完全凭人类的良心说话。针对转基因，是谁说了谎话呢？”
“一个科学技术本身肯定是中性的，到应用的时候有可能发生偏离，可用它干好事或者干坏事。我觉得转基因也是这样。但在科学界有争议的情况下，急着商业化，急着让大家去吃，又不保证大家的知情权，中国的传统食品安全监管都这么糟糕，新的东西更让我们放心不了。”在纪录片中，崔永元如此表示。