1957年正值台语电影的兴盛时期，征信新闻社（中国时报前身）举办第一届“台语片电影展览会”，简称台语片影展，于11月30日在台北国际学舍举行颁奖典礼，由征信新闻社社长余纪忠主持；当时有32部电影参与角逐，影展仿效美国奥斯卡金像奖模式，由颁奖人将奖项交给受奖者。奖项类别可分为：由专业评审选定的“金马奖”11项，观众票选的“银星奖”10名，另增设有“荣誉奖”1名和“观众票选优胜奖”10名，这是“金马奖”之名第一次在正式场合出现；不过台语片影展只举办一届就停办了。
1962年，中华民国政府为促进本国电影事业的发展，鼓励优良国语影片及优秀电影工作者，由新闻局举办金马奖。 “金马”二字源自金门、马祖两外岛地名的字首；由于金、马两地为冷战背景下，中华民国与中华人民共和国政府军事对峙的最前线，该奖以“金马”命名旨在鼓励中华民国电影业界，能效法前线国军官兵们坚强奋发的精神，努力开创新局。此外，它亦符合全球主要影展名称以“金字招牌”为号召的潮流。
1968年（第五届）以后，金马奖曾改由教育部文化局主办，至1984年再改由新闻局主办、民间电影团体轮流协办。直到1990年（第二十七届）起，为顺应政府“公营事业民营化”的政策，新闻局宣布决定将金马奖与金钟奖、金曲奖，由官方全部转交给民间团体主办；
1990年5月16日，电影联合会议中决定成立常设机构及执行委员会，也就是后来的“台北金马国际影展执行委会”（1992年更名为“台北金马影展执行委员会”）。但由于该执行委员会为非法人组识，其法律定位备受各界质疑，故新闻局与各团体研商后，将该会并入中华民国电影事业发展基金会。
1991年7月1日，在台北市影片商业同业公会强力要求下，新闻局全面退出基金会的会务。此后金马奖由财团法人中华民国电影事业发展基金会统筹主办，但仍接受新闻局的公款补助。该基金会筹组台北金马影展执行委员会，敦聘九至十五位电影研究者及从业人员担任执行委员，设主席一人、秘书长一人、副秘书长一人负责推动会务，下设行销宣传、竞赛、影展等三组，办理台北金马影展。影展分为“国际影片观摩项目”与“华人电影竞赛项目”两大部分：“国际影片观摩项目”以售票方式筹款，加上电影事业发展基金会的补助运作；“华人电影竞赛项目”则由金马奖执行委员会专责处理。
2013年是金马奖50周年，第50届金马奖颁奖礼暨金马奖50周年庆典晚会于2013年11月23日在台北国父纪念馆举行。
第51届金马奖颁奖礼于2014年11月22日在台北国父纪念馆举行。