明代当地人的墨书题记，在山西吉县人祖山娲皇宫女娲塑像下发现的“皇帝遗骨”，可能属于传说中史前“三皇时代”的“娲皇”遗骨，这是国家文物局原副局长张柏、故宫博物院副院长李文儒等国家省市23位考古、历史、神话、民俗专家考察人祖山后形成的共识。
女娲遗骨发掘地点
人祖山建有“娲皇宫”和“伏羲皇帝正庙”的人祖庙。
“皇帝遗骨”及其他考古发现，为中华文明探源工程填补了上古无文字记载的历史断层，说明山西吉县人祖山是中华文明的主要起源地之一，为吉县人祖山区域是中华婚育文明、农耕文明、八卦和古代历法起源地之说提供了实物佐证。
而就人祖山的发现来看，除一例距今6200年的人骨，其余最早为战国时期，因此到目前为止的发现尚无法为中华文明探源工程填补上古无文字记载的历史断层，也无有力证据证明山西吉县人祖山是中华文明的主要起源地之一，而其中发现物又不足以证明人祖山区域是中华婚育文明、农耕文明、八卦和古代历法起源地。
女娲遗骨考古过程
1984年，娲皇宫遭人破坏时，考古工作者就在女娲塑像下发现遗骨，包以黄绫，盛于木函。“木函”墨书写道：“大明正德十五年（1520年），天火烧了金山寺，皇帝遗骨流在此，十六年上梁立木……皇帝遗骨先人流下”。明代人的墨书记载把该人骨称为“皇帝遗骨”。
从2011年8月13日至10月9日，在山西省考古研究所研究员田建文的指导下，考古工作者对人祖庙进行了“抢救性”整理，发现战国、汉唐、宋元、明清、民国时代遗物291件（套），并在娲皇宫积土中找到人头骨、木函残片和距今900-2100年曾作祭品的动物骨头。这是中国目前发现最早祭祀女娲的考古遗迹。
专家认为，木函题记中“皇帝”之说，可能是某代或最后一代女娲。因此，这个遗骨无疑是明朝人认为的“娲皇”遗骨。
“皇帝遗骨”及其他考古发现，为中华文明探源工程填补了上古无文字记载的历史断层。
社会质疑
媒体
《广州日报》消息（摘录）：这一切让人想起陕西的华南虎照，还有河南的曹操墓风波。只不过再怎么说华南虎和曹操墓还是属于地球上的物体，虽然事情过程疑云丛生、波荡诡谲，但总算还都没有超出地球人的常识极限，闹腾一回、炒作一回，大家就当免费看大戏了。山西吉县这一下子是穿越时空、把比神仙还神仙的女娲直接从地底下挖出来，让许多人都开始对自己不自信了：“这个世界上是不是真住着神仙？那23位专家弄出来的骸骨莫不真就是女娲？”。
更为值得一提的是，这次考古有一家旅游公司参与。原来，女娲骸骨在吉县被发现、挖掘出来，也不是无缘无故的，某地的旅游品牌要想一炮打红也需要女娲骸骨在吉县被发现。
专家
北大考古学教授刘绪认为很“玄”，称所谓“三皇”、“五帝”目前看来只是传说。
他表示并没有听说过这次发掘及相关的研究，但他说：“在中国，考古发现的新石器时代人骨很多，未必都要与所谓‘三皇’时期联系起来。所谓‘三皇’、‘五帝’目前看来还都只是传说，都很‘玄’。所以，你问这个是不是女娲的骨骸，这我可不敢说。”