任何事物均应一分为二，即使是比较安全的非处方药也是如此，它有防病治病的作用，也有不利于人体的不良反应。药品不良反应主要是指合格药品在正常用法用量下出现的、与用药目的无关的、或意外的有害反应。常见的不良反应有以下几种：
①药物的副作用：是药品在规定常用剂量使用时出现的与防病治病目的无关的作用，这里强调应用“目的”，因为一种药物往往有多种作用，目的不同，其他作用就成为副作用了。如阿托品用于治疗胃痛时，常出现口干，心跳加快等副作用。如用于治疗有机磷农药中毒，则其口干、心跳加快等副作用又成为治疗作用了。又如阿司匹林，口服易致胃溃疡，甚至可致出血，这是其副作用，但将其用于预防心肌梗死（尤其是二级预防），这个副作用又成为治疗作用了。
②药物的过敏反应： 过敏反应又称变态反应，是少数具有特异体质的患者对某些药物产生的异常反应，如口服阿司匹林，大多数人无异常反应，但少数人会发生皮疹、发热、皮炎、哮喘、白细胞减少，严重者可产生过敏性休克。个别药物可通过皮肤过敏试验减少过敏反应的发生，绝大多数药物都要提高警惕，尤其是对多种药物、食物有过敏反应者。
③药物继发感染（或二重感染）：主要表现在长期、大剂量使用广谱抗菌药，敏感的细菌被杀灭了，不敏感的细菌、真菌大量繁殖，从而引起新感染，如霉菌引起的鹅口疮，葡萄球菌引起的肠炎等。正因为如此，在遴选非处方药时，全身用的大量抗生素和合成抗菌药是不能入选的。当然也与防止产生耐药菌有密切关系。
④毒性作用：药物在常用剂量时，不会产生毒性反应，只有在过量、过久使用方可产生，如对乙酰氨基酚的肾毒性；链霉素、卡那霉素、庆大霉素等的肾毒性，各种抗肿瘤药的心脏毒性等。因此，必须按照说明书使用非处方药。
⑤致畸作用：不少药物对胎儿的影响业已肯定，欲优生优育必须慎用药物，尤其是妊娠初3个月。