余秋雨有过两次婚姻，第一任妻子叫李红，第二任妻子叫马兰。
余秋雨第一任妻子李红：
余秋雨和李红当年也曾是一对恩爱夫妻，不过变心的男人在后来的文章中只会提到前妻的种种不是。余秋雨的前妻李红1979年和余秋雨结婚，1984年诞下女儿，1992年7月和余秋雨离婚。
少女时代的李红，是一个无忧无虑的乖乖女，天真又活泼，深受同学和老师的宠爱。在中学教英语的父亲和当医生的母亲为她和弟弟创造了良好的学习、生活的环境。她学校毕业后被留在上海分配进了纺织局。从小热爱戏剧的她由于容貌、身材、语言的优势，作为业余演员被借调到上海市青年话剧团《年轻一代》剧组。
那年，23岁的李红雄心勃勃地去考上海戏剧学院戏文系，结果，从1000多名考生中脱颖而出，名列前茅。然而，世事难料，由于种种原因，她与上海戏剧学院失之交臂，但她的答卷却被当时在上海戏剧学院任负责人的余秋雨看见了。
电影《春苗》在选女主角，李红和当时还未出名的李秀明同时成为候选人，叫导演难以取舍。李红说，由于家庭环境的原因，导演认为我知识分子气太浓，纤细了些，而李秀明更粗犷，符合剧中人物的性格。于是，李秀明一炮而红，而姓李名红的她却从此与演艺界擦肩而过。
然而值得庆幸的是，在这期间，李红认识了当时已经名声在外的余秋雨。年轻、漂亮、活跃的李红，被这个老实而有学问的老夫子似的男人吸引住了。李红说，她对别的各方面条件比余秋雨强的追求者不屑一顾，一头坠入了余秋雨的情网。
李红清楚地记得，星期天，余秋雨会在傍晚乘车来到李红住在虹口的家。他们一起谈笑，一起看书，一起吃饭，一直到深夜。公交车没有了，他常常步行回他的住所，每次都是意犹未尽，痴情可见一斑。
余的真情也打动了李红的父母。他们劝告李红：她认识的那些海外的人不可靠，而他是个老实人，是好人，早点嫁给他吧。1979年，相恋整整５年的余秋雨和李红，终于步入了婚姻的殿堂。他们在大连路的一间陋室里安了家。余秋雨只买了一只大橱，一只五斗橱。
余秋雨第二任妻子马兰：
马兰的男友在上海求学时不幸死于一次事故，余秋雨是当年负责处理此事的领导者之一，从而和马兰相识。余不顾自己的已婚身份，开始追求马兰。此时，余已经成名。余和一般成名的文人不同，他更善于处理人际关系。上海市委曾经专门在市委大院给了余一套房子。据余的前妻李红说，余已经做好了各种安排，她只有签字。离婚后，余的前妻带着女儿过着较为艰难的日子。