郑芝龙之所以被杀是因为郑成功始终不愿降清，郑芝龙因此受牵连，被人弹劾放纵儿子叛国，之后被废除爵位抓进监狱，流放宁古塔，顺治帝驾崩之后，郑芝龙和其他的亲人一起被斩首。
郑芝龙是郑成功的父亲，在明朝末年的时候手握重兵，在料罗湾海战中，是击败荷兰人的主力，纵横东亚海域，西洋人为之低头，他可谓是名副其实的海上霸主，让不少的人称赞。
可是清军入关之后，郑芝龙一心只为自己考虑，根本就没有想到要为国家奉献出自己的一切，所以在看到劝降书后，二话不说，就决定投降了清军，于是郑芝龙所属的军队不再往前线去了。
之后郑芝龙加官进爵晋封同安侯，为了让郑芝龙的儿子郑成功投降，清朝对投降的郑芝龙优待有加，而郑芝龙也多次的劝说郑成功归顺清朝，但是郑成功并没有答应父亲的劝说，这也让清朝明白留着郑芝龙是没有用处的。
于是开始找罪名将一无所有，只有一个空头衔的郑芝龙打入监狱，之后流放到宁古塔，顺治皇帝驾崩之后，清朝朝廷果断将郑芝龙处死，跟随郑芝龙投降清廷的全家老小都被抄斩，没有一个幸存。