很多人都误以为进化论是一个已经被论证的科学理论，但实际上进化论还只是一个假说，而且是一个全世界都在找它毛病的假说。进化论实在是拥有太多缺陷了，而且就连作为假说基础的证据都被推翻了。进化论三大证据的破灭使得这个假说可能变成永远的假说，想要证明物种的起源实在是太难了。
进化论有三大经典证据：比较解剖学、古生物学和胚胎发育的重演律。
达尔文进化论找到了推翻
比较解剖学：暴露了进化论的逻辑错误
科学上如果一个理论的证明违背逻辑，这个理论就不能成立，但是人们对进化论的逻辑错误却没有深纠，也是因为深纠起来，就没有证据可言了。例如用比较解剖学来论证进化，形像地说就是：“如果人是猿进化来的，人和猿就会有许多相近的特徵;因为人和猿有许多近似之处，所以人就是猿进化来的。”
懂逻辑的人都知道这种循环论证毫无意义，反例如下“如果甲是乙的弟弟，甲就比乙小;因为甲比乙小，甲就是乙的弟弟。”这两个命题中，第一个是对的，第二个是错的。这种似是而非的“证明”贯穿于进化论所有的证据之中。人云亦云，人们盲从地接受了它。
胚胎发育重演律：经不起推敲的观察错误
19世纪，德国的海克尔提出了重演律学说，认为高等生物胚胎发育会重现该物种进化的过程。其实重演律本身就是假说，这个假设就成了进化论的重要证据：如果进化存在，胚胎发育的“重演现象”很像在反映进化的过程;因为有重演现象，进化就是存在的。这不但运用无意义的循环论证，而且掩盖了最关键的一点：谁也不明白“重演现象”和进化有什么关系，硬说成是因果关系。
其实，重演律是在生物学还很不发达的时候提出的假说，随着遗传学的出现和分子生物学的发展，特别是对基因的深入研究，重演论失去了理论依据。既然过去的基因已经突变成新基因了，怎么还重现过去的特徵呢?就重演律本身，古生物学家古尔德也指出了该理论的致命缺陷，这些已是共识了。
现在，很多学者证明了重演律是一个观察错误，进化论三大证据的破灭论点也逐渐形成。德国人类胚胎学家布莱赫施密特所著的《人的生命之始》一书中，以详尽的资料证明人的胎儿开始就都是人的结构，例如以前认为胎儿早期出现的象鱼一样的“鳃裂”，实际是胎儿脸上的皱褶，完全是人脸的结构，被硬说成“鳃裂”。胎儿在9毫米左右，身体下端的突起好像是尾巴，其实没有任何尾巴的结构特徵，那是一条中空的神经管，它发育较快，向阻力小的方向生长，暂时向末端突出，很快就平复了。而且它是有重要作用的，根本就不是残迹器官。
对罕见的畸形病：毛孩和长尾巴的小孩，进化论认为那是人祖先的特徵;要按这么推理，没有大脑的畸形更多，那人的祖先就没有大脑了?先天肢体残缺的、多长手指、脚趾的也常见，那么人的肢体就是从各种畸形进化来的?跳出进化论的思想框框一想，就会发现所谓的“返祖现象”只是畸形或缺陷而已，是基因畸变的反映，和人类祖先联系在一起毫无道理。
古生物学上：至今没有发现进化过渡阶段的化石
如果进化存在，必然存在进化过程中物种之间的过渡类型，否则进化就是谬论。在逻辑上，过渡类型的化石也就成了进化论的三大证据之一;而事实上，这方面并没有确凿的证据可用，达尔文等人猜想 20 世纪会找到明确的证据，也就是当时用“猜想”作了证据--这又是极不严肃的。事实又是怎样呢?直到现在，发掘出的化石不计其数，禁得起推敲和鉴定的证据还没有一例。
在从猿到人的问题上，寻找过渡物种 “类猿人”，早就列入了科学的“十大悬案”。数次宣布的人类始祖，很快就被否定了。例如1892年发现的人和猿之间的过渡化石“嘉伯人”，是一块猿的头骨和相距40英尺的一根人的腿骨拼凑出来的，学术界否定了“嘉伯人”，科教方面却还在宣传。直到1984年“嘉伯人”才被新发现的猿人化石“露茜”代替。但后来的鉴定中，露茜也被大部份学者否定了，科学家已经确定了露茜是一种绝种的猿，和人无关。
六具“始祖鸟化石”的相继问世，轰动了世界，成为鸟类和爬行动物之间过渡物种的典范。后来鉴定出5具是人造的，剩下的1具坚决拒绝任何鉴定。最初的“发现者”坦白了造假的原因之一：太信仰进化论了，就造出了最有力的证据。而教科书中，对始祖鸟和露茜还是不予更正，公众也就不知真相了。
假如进化存在，过渡类型化石就应该很容易找到，为什么没有呢?大家沿用达尔文的解释：化石记录不完全。深入一想：化石的形成是普遍和随机的，为什么单单漏掉了过渡类型呢?《审判达尔文》一书的作者约翰逊做了这样的总结：“化石向我们展示的都是突然出现的某种有机体，没有逐步进化的任何痕迹……这些有机体一旦出现，基本上就不再变了，哪怕过了几百万年，不管气候和环境如何变化，也不变了。如果达尔文的理论成立，这些条件本应该引起物种的巨大变化。”
古生物学家古尔德和埃尔德里奇曾根据地质历史的事实，提出了一个“间断平衡”假说，来说明过渡类型形成化石机率较小，但不能解释为什么过渡类型根本不存在，而且该假说的进化机制在基因水平上看，是绝对不可能的。