供应链金融的市场风险控制应当包括进度风险、重复融资风险、资产价值变动风险、资产转移风险等多个不同的风险。
1、供应链金融之应收账款融资模式下的供应链金融风险管理。商业银行应通过各种合法途径深入了解核心企业的基本情况，包括资产状况、资信状况、财务状况、业务状况与发展前景等，因为核心企业的状况关系整个供应链的存亡。一般情况下尽可能的选择资产规模大、财务状况良好、资信优质及有发展前景的大企业风险会较低。同时商业银行业应跟踪核心企业的运营状况，关注融资中小企业的日常运营及合同履行情况，确保能够收回贷款。
2、供应链金融之预付账款融资模式下的供应链金融风险管理。针对供应链自身的风险，银行除了关注核心企业之外，还应关注整个供应链整体的运营风险，对供应链整体进行追踪监督，如有风险应及时采取措施控制风险；可以采取核心企业与融资企业捆绑式为中小企业融资，即要求核心企业在融资的中小企业发生主观或者客观条件不能及时偿还贷款时承担相应的还款责任，以降低商业银行的风险；商业银行应注意认真鉴别合同的真实性，在贷款前审核相关的材料，排除关联交易、用途不实、恶意套取银行信贷资金等高风险行为。
3、供应链金融之存货融资模式下的供应链金融风险管理。对于供应链金融存货融资模式下的风险，主要来自于质押物，在银行向中小企业提供贷款之前应通过相关手续、凭证、合同或其他途径明确质押品的货权归属问题，其次，质押物的选择应选择标准化，市场价格稳定，容易变现，保管成本低的质押物，建立价格预警体系，当质押物市场价值低于借贷资金的一定乘数或者低于质押率时应要求借贷方增加质押品或者其他能够保证商业银行借贷资金安全的合法合规行为。再者，商业银行在选择第三方物流企业时应选择资信较好的第三方机构，并积极与物流企业建立信息共享机制及沟通机制，明确权责，相互监督，共同参与供应链金融的全过程。最后，银行应确保仓单的真实性和有效性，资金提供方要预留仓储企业在办理各种业务的印签，进行验单、验证、验印，必要时与物流企业直接联系。