POS机刷卡手续费是由商户来承担的。商户与银联或收单机构达成协议：使用这种刷卡结算的服务，并相应地向对方支付一定的手续费。
POS的手续费率，是按交易量的百分比扣除，按行业不同扣率不同：
一、一般行业为1%，特殊行业为2%左右(如宾馆、酒店、珠宝、工艺品等)。大宗交易和批发交易，扣率封顶，一般为0.5%-1%，单笔20元或50元封顶。手续费规定有商户承担，由银联清算资金时扣除。收益中发卡银行得70%，银联10%，为固定部分，剩余为收单银行或收单公司收益。任何其他扣率，如0.4%、0.8%、1.6%或1.8%等等，不同行业类型手续费率不同，这个是全国统一的。
二、消费者在POS机上刷卡，是不会扣去消费者银行账户上的钱的，POS机的刷卡扣去的手续费，是在商户的银行账户上扣除的。POS机刷卡手续费根据商户的营业执照所经营的行业，经营范围所规定，商户的帐户里进行扣取。
注：消费者使用POS机刷卡是不收取手续费用的。
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