1995年春天，霍金正式与简离婚。霍金和简结婚25年，简也照顾了霍金25年，他们生了三个孩子，大儿子罗柏特，老二露希，老三提摩西。但他们最终还是离婚了。
2004年初，媒体报导霍金遭到第二任妻子虐打，这消息轰动全世界。霍金和伊莲再婚后，他的家人怀疑霍金可能遭到伊莲伊莲虐待。虽然外界传出霍金身上出现多处神秘伤痕，手腕骨折，脸部和嘴唇有很深的切口，但是霍金要求媒体尊重他的私生活”。同年3月，英国警方正式向霍金询问了解相关情况，但由于霍金不愿意提出控诉，警方最终只好结束案件。2006年夏天，64岁的霍金与第二任妻子伊莲离婚。
在结束了和第二任妻子的11年婚姻后，霍金和简又和好了。重新与儿孙们共享天伦之乐。为了反映这段快乐时期，简将先前著作《移动星星的音乐》进行了大幅度编修，删除了很多不堪回首的叙述，更换为对于未来盼望的语句，完成后发表为著作《遨游至天涯海角》。
关于霍金和前妻的离婚原因，至今仍然众说纷纭，有人说是霍金妻子出轨，也有人说是霍金爱上了另一个女人。霍金的妻子为什么离婚可以说是个谜。
据英国《泰晤士报》等媒体报道，霍金夫妇的代理律师已经分别进入剑桥郡的法庭，办理离婚官司。至于霍金现时是否仍和结婚已11年的伊莱恩同住，目前仍不清楚。
针对最新的离婚传闻，霍金本人拒绝置评。《每日邮报》引述一名消息人士的话说：“霍金和伊莱恩的关系已完了，有人说他恋上另一个女人。这是一个令人难以置信的悲伤消息，不清楚他们为何要分手。这件事情很神秘。”也有消息称，二人离婚与霍金受妻子虐待有关。剑桥郡警方曾经两度对霍金受虐传闻进行调查。据称，霍金的家人、朋友曾多次发现他身上出现外伤，包括手臂手腕折断、脸部被割伤等，但由于霍金本人不配合，调查被迫中止。
此段婚姻已维持11年，霍金迄今结过两次婚。
1990年，他与结婚26年之久的结发妻子简·怀尔德离婚。5年后与自己的护士伊莱恩·梅森结婚，此后一直住在剑桥。霍金再婚的消息当时一度震惊了英国学术圈。由于长年重病缠身，终日与轮椅为伴的霍金只有几根手指能活动，每天24小时都需要护理人员照顾。所幸的是，他仍然可以借助手指操纵一台电脑声音合成器，以此表达自己的思想，而这台机器的制作者则是伊莱恩的前夫戴维·梅森。
霍金21岁时患上“肌肉萎缩性脊髓侧索硬化症”(运动神经元疾病)，从此半身不遂，当时医生预言他活不过两年。
在1985年一场因肺炎造成的手术中，霍金失去了讲话的能力。霍金的成名始于1975年发表的黑洞辐射理论。1978年，他获世界理论物理研究的最高奖“爱因斯坦奖”。1988年，霍金写出全球最著名的科普读物《时间简史》
霍金的妻子为什么离婚
霍金就读剑桥大学研究院时期，在1963年的新年派对里，遇到了正准备进入伦敦大学的简·怀尔德(JaneWilde)，她被霍金的风趣幽默与独立性格所吸引。那时，霍金的身体已出现了渐冻症的症状，虽然尚未确诊，由于渐冻症无药可治，患者通常只能活两到三年，然后会因为肺炎或呼吸肌肉失效导致窒息而往生死亡。