慈禧一共有两个儿子，一个是亲生儿子爱新觉罗·载淳，后为同治帝；一个是养子爱新觉罗·载湉，后为光绪帝。
咸丰帝死后，年仅6岁的爱新觉罗·载淳登上皇位，年号同治。由于同治帝太过于年幼，因此慈禧就顺理成章的代替皇帝处理朝政。
同治帝六岁即位，十八岁亲政，可惜一年之后就去世了，年仅十九岁，和他的祖辈相比，他的寿命实在是太短了，在他死后，慈禧为了手中的权力不落入他人手中，决定立自己亲妹妹的孩子为皇帝，继续垂帘听政，将所有的权力都握在手中。
光绪帝登上皇位的时候只有四岁，他的父亲醇亲王是咸丰帝的弟弟，是慈禧的小叔子。光绪帝的母亲是慈禧的妹妹。以血缘关系上看，从父系这边称呼，光绪帝得称慈禧为伯母，从母系这边称呼，得称慈禧为姨母。