达芬奇的著作《最后的晚餐》是迄今为止最有名的宗教画作，这幅画的主题是，当耶稣宣布他的使徒中有一个人出卖他时，各大使徒都表现出不同的动作表情，这幅画藏了很多秘密，在下面的最后的晚餐的秘密图解中会有说到。细心的人会发现最后的晚餐多了一只手，那只手就在彼得的旁边，这只手似乎不属于任何人。
在最后的晚餐中多了一只手
在这幅画中，我们可以看见一只拿着匕首的手，就在彼得的旁边，可是你找遍整个画作你都没办法找到这只手的主人。这是最后的晚餐中最大的一处疑点。首先要知道的是，这幅画画的是耶稣以及他的十二门徒，加起来也就是13个人，但是如果加上这只手，那可能有14个人。
看过《达芬奇密码》的人应该知道，坐在耶稣右手边的那个人很可能是他的情人玛利亚·抹大拉而不是门徒约翰，请设想一下，达芬奇把门徒约翰用其他人的身体挡住了，但是他又故意露出一只手来以暗示人们，这只手的主人才是门徒约翰，而那个坐在耶稣身边的其实是他的情人。
关于最后的晚餐多了一只手还有另外一种说法，那就是这只手就是圣彼得的，他向年轻的圣约翰(上面说的疑似耶稣情人的人)靠去。彼得垂在臀部的右手握着一把刀，仿佛在偶然中，刀尖对着犹大的背后。
图解最后的晚餐的秘密
【约翰还是抹大拉】
对画面作一番仔细的观察后，我们就会发现，耶稣的右面的人是一个女性的形象，或者说至少是雌雄同体，很多人都怀疑是玛利亚·抹大拉。另外一点非常明显的是，耶稣和抹大拉的衣服颜色是对应的。耶稣穿着一件红罩衣，披着一件蓝斗篷;抹大拉穿着一件蓝罩衣，披着一件红斗篷。一阴一阳。
这个人物的束腰外衣已经烘托出了一个女人的胸部。确实，列昂纳多不反对给画面人物赋予女性特征。甚至给一些男性人物也画出了女性的形象。例如，当您细致的观察达芬奇的著名画作《施洗者约翰》时，就会看到他几乎是一个雌性同体的形象。这算是最后的晚餐的秘密图解中，最琢磨不透的地方了。
【V和M的疑问】
与第一个秘密相关的是，为什么在《最后的晚餐》里，耶稣和约翰(或者说玛利亚·抹大拉)朝向不同的方向，摆成一个V字形，而他们的身体又组成一个字母M，是想说明什么问题呢?这和什么符号有关吗?
有人认为耶稣和约翰的形体符号恰恰说明，这里所谓的约翰实际上应该是抹大拉的玛利亚，V字形象征了神圣女性的符号(甚至是圣杯，毕竟，餐桌上没有圣杯的出现也是一件非常怪异的事)，而字母M代表了玛利亚·抹大拉。很明显，不论人们是否赞成这一假设，这是一种很有创见，很令人兴奋的阐释。
【彼得威胁的手势】
另一处奇怪的特写是，彼得的左手好像要砍向约翰(或抹大拉)的脖颈一般，一幅威胁的姿势。关于彼得，列昂纳多是不是想向我们说点什么呢?再仔细些看，离画面进一些，您就会发现，很明显那只拿着短刀的手实际上就是彼得的。虽然显得有点笨拙、不自然，但是因为他的右手手腕弯着，所以看起来不像他的。至于他的左手作出的抹约翰脖子的姿势，另外一个解释是，彼得只是想要把左手搭在对方身上而已。看起来争论还会一只继续下去。
【托马斯的一根手指】
在耶稣的左手边，面对着耶稣的托马斯作出伸出一根指头的姿势，按作者的话来说，是约翰的手势引起的。再说托马斯，他举起左手的食指也作出一个威胁的姿势，也就是普林斯和皮克奈特所说的约翰的手势，据说他代表秘密的知识与智慧，认为是洗者约翰比耶稣起到了更重要的作用，而不是完全像《圣经》里讲述的那样。
【达芬奇的自画像】
撒迪厄斯实际上是列昂纳多的自画像，他背向耶稣。撒迪厄斯确实和达芬奇的形象很接近，可以比较一下他的著名的《自画像》。列昂纳多的许多作品都牵涉耶稣或者神圣家族。画面构图中，至少有一个人背向中心人物，这是一个再次出现的问题。