建文帝朱允炆当上皇帝后，他的叔叔们尤其是他的四叔燕王朱棣对其很不爽。朱棣早年随父亲东征西讨，为大明王朝的四方安定立下了不少汗马功劳。他认为你一个小屁孩凭什么当上皇帝来管制我？于是，后来随着朱允炆削藩，这下彻底惹恼了这位叔叔，于是，一场决定明朝命运和朱棣、朱允炆两人命运的靖难之役就开始了。
朱棣在朱元璋的众多儿子中才华最为出众，而且胸怀大志。起初他对父皇选立长兄朱标为太子不好说什么，单是朱标死后，朱元璋又立懦弱无能皇长孙朱允炆为太子，却引起了朱棣的强烈不满，他数次在朱元璋的面前诋毁朱允炆如何如何无能懦弱，绝非可托天下之人。
朱允炆想了半天终于对出一句：“雨打羊毛一片膻”。虽然对的句子看起来也还算公整，但语意平庸，毫无意蕴。朱元璋的大为不快，这时燕王朱棣随口吟出一句：“日照龙鳞万点金”。 一股王道霸气直惊的在座的人目瞪口呆，朱元璋冶连口称赞。 但这也增加了他对皇太孙日后帝位的担心之情。
洪武三十一年（公元1398年）七十一岁的朱元漳去世，依照它生前的安排由他便留下遗诏，由二十一岁的皇孙朱允继位，年号建文，也就是历史上的明惠帝。传说朱元璋临死之前，不放心朱允炆，便交给自己的贴身太监一个密匣，称如果皇太孙一生平安无事，不要打开这个匣子。
如果发什么紧急情况，就打开这个匣子，它会告诉你怎么做。这是民间流传下来的一个传说故事，不知是真是假，但正是这些离奇的小故事，更加增添了建文帝日后下落的神秘色彩。朱元璋在位之时，为了巩固大明王朝始终掌握在朱姓子孙的手中，他先后分封自己的子孙为藩王，分驻全国要害之地。
这些分封藩王都手握重兵，称霸一方，在朱元璋在世之时，还倒是老老实实，不敢有什么非分之举。但朱元璋死后，他们根本不把懦弱无能的建文帝朱允炆放在眼里，个个飞扬跋扈，不服从中央政府的管辖。为了解决地方藩王对中央皇权的威胁，建文帝采纳了齐泰、方孝孺等人的建议，厉行削藩之策。
他先是派兵进抵开封，软禁了周王朱肃，然后将其废为平民；接着又发兵湖南、湖北除掉了岷王朱便、湘王朱柏，此后，又先后将齐王朱博、代王朱桂等人囚禁。建文帝厉行削藩，地方藩王纷纷被削夺爵位，抑或被废为平民，抑或被禁为囚徒。一时间闹得是沸沸扬扬，怨声载道。
这一措施严重损害了地方藩王们的切身利益，几乎所有的诸侯王都对此不满，尤其是手握重兵，觊觎帝位的燕王朱棣。燕王朱棣早就有起兵反叛，夺取帝位之心，只是苦于没有很好的借口，这次建文帝削藩弄得天下诸侯怨声载道。这对阎王来说简直是一个千载难逢的好机会。
建文元年（1399年）七月，燕王朱棣以清君侧为借口发动了"靖难之役"。虽然名义上是要帮建文帝清除身边的奸臣，其实际上起兵反叛。燕王起兵之后，建文帝马上慌了手脚，急忙征调各地方的军队入京勤王。但是，由于建文削藩以来，地方诸侯已被他得罪殆尽，所以，地方诸侯纷纷投向燕王帐下，背叛建文。
建文帝手下的文人不少，但没有多少可以带兵打仗的将帅之才。心腹齐泰、方孝孺等人也都是文人腐儒，虽满腹经纶，但也没有什么用处。就这样，燕王的军队没费多大的力气，很快就打到了南京城。建文帝见大势已去，下令火烧皇宫。燕王朱棣攻入皇宫之后，没有找到建文帝，便命人仔细搜查寻找建文。
宫里的太监说说建文帝在万般无奈之下，跳入火中自焚了，并从火堆里找出一具尸体指认说是建文帝。朱棣假惺惺的痛哭一番，说自己只是要清理奸臣，并不是要皇上死。然后，以皇帝礼将其厚葬，但是，在正史的文献中，却没有任何有关建文帝陵寝的记载，而且后来的崇祯皇帝也曾亲口说过建文无陵。
那么靖难之役后，建文帝朱允炆到底是生是死，生的话去了哪里？死的话尸体又如何？废墟中的那具焦尸到底是否就是建文帝，建文帝到底死没死，没死的话他又逃到了哪里？对于这一系列的问题，朱棣本人也持有怀疑，后世史家和民间传说更是众说纷纭，离奇万分。
一种说法认为，建文帝并没有死，而是逃出南京，到了贵州的一个寺庙当了和尚。据说，在燕王朱棣围城之后，建文帝叫天天不灵，叫地地不应，为防被俘受辱，建文帝决定自尽殉国。这时，突然有一个太监跑了过来，他告诉建文帝，太祖皇帝临终前曾经交给他一个密匣，并叮嘱他如果皇上遇到危难，可以打开匣子。
建文帝听后，急忙命这个老太监取来密匣，打开一看，里面装有三套袈裟，三张度牒，一把剃刀，三张度牒上分别写着应贤、应能、应文三个名字。应文指的是建文帝朱炆，应贤、应能分别是指建文帝的心腹近臣杨应能、叶希贤。匣中还有一封信，上面写道"应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮，会于神乐观之西房"。
建文帝一看，便明白这是太祖皇帝早就预料到自己会有今天，传此密匣，告知自己剃发为僧从密道出逃保命。按照密匣的指示建文剃发做了和尚，从鬼门逃出宫去开始了浪迹天涯的游行四方的僧人生活。还有一种比较流行的说法，就是建文帝从南京城逃出之后，辗转来到泉州，流落到海外。
后来明成祖继位之后，派郑和下西洋，就是为了寻找流落海外的建文帝。 传说，建文从密道中逃出京城之后，见前往北方的道路大都被燕王的军队围阻，因此不得不化妆南下，辗转来到武昌罗汉寺。罗汉寺的住持达玄和尚，看过建文帝的度牒后，赶紧将建文引入寺中躲藏。
过了一段时间后，建文帝等人见此处易于被燕王的爪牙发现，他们又在达玄和尚的指引之下做船前往泉州开元寺，然后辗转逃到海外。据《泉州开元寺志》记载，当时泉州开元寺的住持念海和尚正是罗汉寺住持达玄和尚的弟子。建文帝来到泉州开元寺之后，便隐匿寺中，派人寻找出逃海外的机会。
终于有一天，他们坐上了一个阿拉伯商人的货船，随行来到印度尼西亚的苏门达腊岛，开始在此隐居，据说，当地的华人，至今仍在每年农历五月十六建文帝登基那天，举行隆重的拜"皇爷"之礼。但是传说毕竟是传说，当时的朱棣是不信的，他对于朱允炆的下落一直耿耿于怀，因此，民间有传言说郑和下西洋主要是为了寻找建文帝。
不过猜测显然是证据不足，说服力不大。这并没有任何史料记载，建文帝在西洋被发现有活动踪迹 。相反，有资料显示，建文帝一直都在南京附近活动。譬如，1991年南京建邺路拓宽工地发现规模宏大的地下水道；1998年又发现建文帝出逃的涵洞。
加上上海《文汇报》记者徐先生经过七年考证与实地踏勘，在穹窿山的拈花寺附近踏勘出了建文逊帝葬身的皇陵等，都说明了这个问题。永乐皇帝用武力夺取侄儿皇位后，曾经利用建文帝皇后的尸体借题发挥，向天下宣布建文“阖宫自焚”，并“辍朝三日，遣官致祭”做足了文章。
如果永乐皇帝数年后，再派郑和下西洋是为了踪迹建文帝，岂不是自己打自己的脸，昭告世人皇帝欺骗了他们？试想，建文帝在位期间，手上拥有百万大军，尚且被仅有几万人马的朱棣颠覆了政权、夺取了皇位。后来建文帝即使是逃出险境，在失去九五之尊后，作为生性懦弱的他，能拿什么实力去与他四叔较量？
想必这一点，聪明过人的永乐皇帝肯定心知肚明。因而，完全没有必要让郑和动用二百多艘艨艟大舰和近三万的人马毫无目标地下西洋去捕风捉影，招摇过市，闹的人人皆知。郑和每次出使海外都是浩浩荡荡，不仅舰队庞大、人员众多，而且所到之处场面大礼节多。
假如说建文帝是真的亡命海外，早已闻风而躲藏起来，区区随行人员在异国他乡，谈何容易？故实施大规模下西洋寻找建文帝绝非有效之方法。综上所述，我们不难得出一个结论，郑和下西洋绝不是主要为了寻找建文帝。假若说，根据线索，有人禀报说在西洋看到了建文帝旧时部属，故朱棣为了安全起见，吩咐郑和顺带查实相关情况，以消除不稳定因素，更为可信。