1、乡、村干部上门集中收缴方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到本村、组指定的地点办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
2、村集体经济代缴方式：鼓励村集体经济好的村，实行由村集体经济统一交纳参合资金。村负责人持新型农村合作医疗登记册、户口登记册到乡镇新农合经办机构填写、汇总《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
3、农民主动到乡镇新农合经办机构缴纳方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到乡镇新农合经办机构办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
农村合作医疗保险缴费标准：
农村合作医疗保险缴费标准目前设为每年100元、200元、300元、400元、500元5个档次，地方可以根据实际情况增设缴费档次。参保人自主选择档次缴费，三甲医院报销比例。多缴多得。
农村合作医疗，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
新型农村合作医疗制度，实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。
1、农民个人每年的缴费标准不应低10元，经济条件好的地区，可以相应提高缴费标准。乡镇企业职工(不含以农民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员)是否参加新型农村合作医疗，由县人民政府确定。
2、有条件的乡镇集体经济组织，应对本地新型农村合作医疗给予适当扶持。扶持新型农村合作医疗的乡村集体经济组织类型、出资标准，由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。鼓励社会团体和个人资助新型农村合作医疗制度。
3、地方财政每年对参加新型农村合作医疗农民的资助，不得低于人均10元，具体补助标准和分级负担比例，由省人民政府确定。经济发达的东部地区，地方各级财政可适当增加投入。从2003年起，中央财政每年通过专项转移支付，对中西部地区除市区外的参加新型农村合作医疗的农民，按人均10元安排补助金。