股权代持协议风险包括其法律效力被否定，显名股东恶意侵害隐名股东权益，隐名股东难以确立股东身份、无法向公司主张权益，显名股东债权人针对代持股权强制执行等。
一、股权代持协议的法律效力被否定
股权代持协议的主要目的是通过该协议实现隐名股东的投资目的。法律或行政法规可能禁止或限制隐名股东实施投资行为或投资于特定行业。
如果隐名股东属于被禁止或限制实施投资行为的人，或者其拟投资的企业所在的行业属于法律或行政法规禁止或限制投资的特定行业，则股权代持协议可能被认定为具有非法目的。
此时，尽管股权代持协议本身并不为法律或行政法规所禁止，但却可能因为其目的的非法性而被认定为属于“以合法形式掩盖非法目的”的行为，从而被认定为无效法律行为。
二、显名股东恶意侵害隐名股东权益
在一般的股权代持关系中，实际出资人隐于幕后，名义股东则接受隐名股东委托，在台前代为行使股东权利。面对各种诱惑，显名股东很可能违反股权代持协议之约定，侵害隐名股东利益，其主要情形包括：名义股东不向隐名股东转交投资收益；名义股东滥用股东权利(重大决策事项未经协商)；显名股东擅自处置股权(转让、质押)，等等。
三、隐名股东难以确立股东身份、无法向公司主张权益
虽然《公司法司法解释(三)》第二十五条原则上肯定了股权代持协议的法律效力，但投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东(代持人)主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。
隐名股东如果想从幕后走到台前，成为法律认可的股东，光凭一纸代持协议是不够的。必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。之后，隐名股东才能够成为显名股东并向公司主张股东权利。
四、显名股东债权人针对代持股权强制执行
在股份代持结构之下，股份登记在显名股东名下，其在法律上将被视为显名股东的财产。如果有第三人(主要是显名股东的债权人)获得针对显名股东的法院生效判决，该第三人极可能提出针对代持股份的执行请求。
在这种情形下，隐名股东能否以其系实际出资人为由对抗该第三人的执行请求(提出执行异议)在法律上没有明确规定，因而存在极大的法律风险。