冰箱保存
龙眼属于热性的水果，健康食用每天只能食用几颗到十几颗，但是每次买回来的龙眼都比较多，这时候可以用网状袋子或保鲜袋将龙眼分开装，每袋几十颗，够一家人一顿吃完即可，分开装好之后放在4~6℃的冰箱中冷藏保管即可，不宜冰冻保存，影响龙眼的口感和果肉质感。
注意：保鲜膜分装龙眼时需在保鲜膜上捅几个空，供水果呼吸。
热烫保存
刚买回来的新鲜龙眼一次性吃不完，可以将龙眼用开水烫一下，注意烫果皮即可，切忌不可将龙眼果肉给烫熟了，一般在开水中烫30秒即可，再用网状袋子将龙眼装好，挂在阴凉通风地方，此法保存龙眼可保存一个礼拜左右，食用时水果会更加甘甜。
干龙眼保存干制的龙眼保存相对来说比较好处理，只需要将干龙眼用密封的熟料袋子装起来，里面塞几个干燥剂袋子即可。也可直接和花椒陈皮等中药材放在一起保存。
大量龙眼的保存方法 低温气调贮藏
适当的温度能降低果实的呼吸强度，有效地抑制多酚氧化酶的活性和微生物的活动。龙眼采收后经过预冷处理，用塑料薄膜包装或薄膜大帐贮藏，并结合药物防腐和低温保藏；这是龙眼贮藏的有效方法，该方法可发挥自发气调作用，改变二氧化碳和氧气含量，从而抑制微生物的侵染，降低损失。福建农林大学经4年的反复试验，在低温下采用薄膜大帐结合0.1%仲丁胺熏果，在3～5℃度下，经过40天保鲜，好果率达96%，果实外观和果肉品质都较好，这种保鲜技术简单易行，效果显著。
熏硫保鲜泰国近年来出口的龙眼都经过熏硫处理，方法是每立方米燃烧100克90%的硫磺粉，处理20～30分钟。用连二亚硫酸钠配制成二氧化硫释放剂，每2千克龙眼用量16～22克常温贮藏取得良好效果。龙眼用亚硫酸盐溶液浸泡无保鲜效果，缓慢释放硫处理以每千克龙眼6～8克的连二亚硫酸钠为好；熏硫处理则以每10千克龙眼20克硫磺，熏蒸20分钟，低温贮藏35天，好果率达96%，而对照为0。二氧化硫能有效地防止果皮褐变和抑制微生物的侵染，经熏硫的龙眼果实在10或5摄氏度下，果皮没有褐变和病害的情况可保持11个月之久(果皮已萎缩)。此法保存的龙眼不宜用口剥开食用，果皮上有较多的硫化物，对身体不宜。
速冻保鲜挑选好新鲜果实，进行防裂处理后，在1小时内把龙眼果实的中心温度降至-30℃，然后长期贮藏于-18℃的冷库中，可贮藏一年或更长的时间。速冻龙眼从-18℃低温取出后，用0.5%柠檬酸加0.03%维生素C溶液或1%柠檬酸溶液处理，可保持48小时果皮不变色。果实能保持原来外观和固有风味，营养成分损失少。食用时先用冷水解冻，马上食用。此法适于果皮较厚，肉质脆硬和含糖量高的品种。但采用速冻贮藏的缺点是龙眼取出后于常温下裂果较严重。
气调保鲜龙眼采收后，先行预冷2天，然后对果实进行整理，剪除劣果、破果后，用0.1%甲基托布津淋洗果穗以杀菌消毒，直接装在0.04毫米厚的聚乙烯薄膜袋中，或先装在塑料周转箱中，再套上塑料袋(厚度0.04毫米)，在湿度85%～95%、温度0～5℃(不超过10℃)的库房中贮存。经过预冷，用塑料袋包装，然后进行抽气、充氮处理，在0～5℃或6～10℃的条件下贮藏，保鲜效果很好，贮藏40天，好果率尚达93%左右。贮藏期间注意调节贮藏环境中二氧化碳与氧气的比例。袋内的气体指标以氧6%～8%、二氧化碳4%～6%较为适宜。二氧化碳浓度高于13%或低于3%时，对龙眼贮藏不利，也可对塑料袋进行抽气，或者抽气充氮，加快氧的减少，有利于抑制龙眼果实的呼吸作用，有利于长期贮藏。