西段
西段从喀拉喀什河上游的赛图拉与叶尔羌河上游的麻扎通过的新藏公路，构成昆仑山脉西、中段的分水界。西段主要山口有乌孜别里山口、明铁盖山口、红其拉甫达坂及康西瓦等，为通往阿富汗及巴基斯坦的交通要道。位于西昆仑山海拔在7000米以上的山峰有3座，6000米以上的山峰有7座，平均海拔为5500～6000米。受重重山体阻挡，使喀拉喀什河谷中的年降水量仅为25～30毫米，雪线附近的降水量则达300毫米左右;北坡降水量大于南坡，主峰形成现代高山冰川作用中心，年均温0℃等温线大致沿4000米等高线通过，最高山带的年均温为-15～-7.5℃。[5-6]
公格尔峰海拔764
俯瞰昆仑山
俯瞰昆仑山[3]
9米，公格尔九别峰，海拔7530米，山慕士塔格峰7509米。前者的冰川面积为300平方公里，有20余条冰舌向下散射：北坡冰舌最长为23公里，东坡和西坡20公里;冰舌下达的海拔高度为3900～4900米。后者的冰川面积275平方公里，有16条冰舌下溢，东坡最长21公里，冰舌下达高度5300米。西坡冰舌的长度20公里，下达高度4000～4500米。雪线高度北坡5500米，南坡5800米，慕士塔格一带雪线为4800～5000米。[5-6]
塔什库尔干谷地的海拔3100～3900米，年均温3℃，年降水量70余毫米;谷地以东山地的现代雪线，北坡为5000～5200米。
发源于西段的主要河流有叶尔羌河，主要靠冰雪融水补给，在盆地北部汇流成。[5-6]
西段山地的北坡为山地荒漠和高寒荒漠景观。低于2700米的前山及中山带下部为红沙与合头草荒漠，砾-石质的山地棕漠土，上部为昆仑蒿为主的草原化荒漠，棕钙-淡栗钙土2700～3000米的下部沙土地带合头草荒漠，上部为紫花针茅、银穗羊茅占优势的山地草原，阴坡出现小片雪岭云杉林，与山地草原构成山地森林草原。在3000米的塔什库尔干宽谷中为高位沼泽化草甸。3100～3900米干旱冰碛丘陵与冰水冲积扇分布着雌雄麻黄为主的灌木荒漠。谷地两侧4000米以上为以粉花蒿和垫状驼绒藜占优势的高寒荒漠。4500～5500米的高山为刺矶松、高寒棘豆高寒半灌木荒漠。海拔5500～6500米的高山下部为高寒稀疏植被，上部为寒冻风化带。6500米以上为高山冰雪带。[5-6]
中段
中段位于新藏公路与车尔臣河九个大坂山即东经77°～86°，主脉向南略呈弧形;克里雅山口和喀拉米兰山口是该段联系新疆―西藏通道。[5-6]
中昆仑山海拔6000米以上的山峰有8座，如乌孜塔格(6254米)、慕士山(6638米)、琼木孜塔格(6920米)，平均海拔5000～5500米，北坡雪线5100～5800米。主要河流有喀拉喀什河、玉龙喀什河、克里雅河、尼雅河及安迪尔河，除和田河上源喀拉喀什河和玉龙喀什河水量较大，有利灌溉外，其他河流出山后很快没入塔克拉玛干沙漠中。[5-6]
山地下部为合头草、红沙半灌木荒漠，棕漠土;上部为沙生针茅、短花针茅为主的草原化荒漠，棕钙土;向上过渡为针茅、昆生葱、昆仑蒿为主的高寒荒源草原;在海拔4500米山地内部坡麓及岩屑坡上，垫状驼绒藜、糙点地梅组成稀疏的高寒荒漠;在海拔4500～5500米的下部为稀疏植被，上部为寒冻风化带，更高山峰则为冰雪带。[5-6]
东段
东段向东略呈扇形展开，分为3支：北支祁漫塔格山，其南隔以阿牙克库木盆地，东延为唐松乌拉山、布尔汗布达山;中支阿尔格山，东延为博卡雷克塔格、唐格乌拉山与布青山，地形上与阿尼玛卿山相接;南支为构成青南高原上的主体山脉，东延与相接。昆仑山垭口是青藏公路必经之道。[5-6]