秦始皇陵地宫之谜一直都让所有研究学者束手无策，虽然秦始皇陵地宫早在1974年就发现了，但是至今都没能够开始挖掘。正常来说以现在的科技挖掘几千年前的墓穴应该是小儿科，但实际上过去四十多年，以如今的科技依旧没办法挖掘，一直都以地宫中水银含量严重超标来表示无法挖掘，但实际上还有很多问题都没有解决。
一、秦始皇陵地宫有多深
根据最新考古发现，秦始皇陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41600平方米，相当于5个国际标准足球场，是秦汉时期规模最大的地宫。司马迁说“穿三泉”，《汉旧仪》则言“已深已极”。说明深度挖至不能再挖的地步，这个记录看起来秦始皇陵地宫非常深，但实际上只是古代的工具有限，而根据现在的科技发现，实际深度应该与芷阳一号秦公陵园墓室深度相近，坑口约26米，最深处为37米。
二、秦始皇陵地宫金飞雁之谜
在秦始皇陵地宫之谜中，有一个是《三辅故事》中记载的金飞雁，西楚霸王项羽入关后，曾以三十万人盗掘秦始皇陵地宫，但是在他们挖掘过程中，突然有一只金雁从墓中飞出，一直朝南飞去。过了几百年，有一位三国太守张善还见过这只金雁。不只是在这里，司马迁和班固都有留下“黄金为凫雁”之说，说明金雁的存在是有可能的。
在金雁之前，春秋时期鲁班造出了木雁，能飞到天空，一直飞到宋国城墙上。虽然说金属比木头重，而且仅凭自然风就在空中飞行确实有些困难，而且金飞雁在秦始皇陵地宫中这么久，难道是一直都在飞行？那恐怕是现在的科技都无法实现的事情，那么古籍中出现的金飞雁又是怎么回事呢？这个至今还没有解决。
三、秦始皇遗体真的保存完好吗？
20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外。其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢？
如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术。问题是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，“尸体”未运多远，便发出了熏人的腥味，经过50余天的长途颠簸，尸骨才运回咸阳发丧。
根据当代遗体保护经验，一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理。如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力。秦始皇遗体途中就开始腐败，尸体运回咸阳等不到处理恐怕早已面目全非了。据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
四、秦始皇陵地宫水银之谜
始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。然而，陵墓中究竟有没有水银始终是一个谜。现代科技的发展为验证秦陵地宫埋水银这一千古悬案提供了必要的前题条件。
地质学专家常勇、李同先生先后两次来始皇陵采样。经过反复测试，发现始皇陵封土土壤样品中果然出现“汞异常”，相反其它地方的土壤样品几乎没有汞含量。科学家由此得出初步结论：《史记》中关于始皇陵中埋藏大量汞的记载是可靠的。现代科技终于解开了地宫埋“水银”的千古谜案。
至于地宫为何要埋入大量水银？北魏学者郦道元的解释是“以水银为江河大海在于以水银为四渎、百川、五岳九州，具地理之势。”原来是以水银象征山川地理，与“上具天文”相对应。至于地宫为何要埋入大量水银？北魏学者郦道元的解释是“以水银为江河大海在于以水银为四渎、百川、五岳九州，具地理之势。”原来是以水银象征山川地理，与“上具天文”相对应。