人们对于益生菌的使用、益处以及它们在增进健康和治疗疾病方面的角色都存在误解。益生菌的一部分问题出在它们被宣传的方式。没有任何含有这些益生菌的营养品或食物被证明能够预防或治疗特定疾病，但厂商却被允许做出广义上的健康声明。例如，食品生产商可以宣称他们的产品“有助消化”，可这是一种没有被清晰定义的模糊表达方式。
关于益生菌，还有很多问题有待解答。尽管对这些产品的深入研究前景光明，但结果尚未浮出水面。这些问题包括人们具体需要摄入多大量的益生菌产品才能对人体健康产生可见的有益影响，益生菌在体内究竟如何工作，以及在特定的身体状况下，何种微生物的何种剂量效果最佳等。
人们并不理解不同生物体之间的细微差别。当病人向医生寻求建议时，要为病人从所有益生菌中选出合适的，对于医生来说都是一件很费解的事情。
为了把事实和猜想区分开，下面会讲到食物和营养品中关于益生菌的五个误区。
误区1：所有的益生菌营养品都基本相同。
“这是完全错误的。”希巴德说，理论上讲，市场上供应的每一种益生菌营养品都与另一种不同。有些益生菌产品中只含有单一菌株，有些则包含几种。同一菌种中的不同株系也许都是有所不同的，可能对健康有着不同影响。
微生物的浓度在不同产品中变化也很大。因为这些不同的生物可能对身体造成不同的影响，科学家们很难将它们对健康的确切益处以及它们的工作机制一一弄清。
面对数以百计的益生菌种类，研究者尚未将它们全都研究过。我们需要了解某些益生菌所具有的那些有助于预防或治疗疾病的重要特征。
误区2：益生菌可以取代药物治疗
尽管一些人可能更偏爱自然疗法，但研究益生菌是为了配合药物治疗，而非用其取代药物治疗的。
绝不会提倡停止药物治疗而换成使用益生菌，相反，人们应该把益生菌作为他们已有的治疗程序的辅助，或者将其用作预防手段，这样将来他们也许不至于走到药物治疗的一步。
误区3：食物和营养品的标签上提供了精确的微生物数目
实际情况并不总是如此。食物标签通常并不会告诉消费者食物里到底有多少细菌，它们可能只会简单标注食物内含有“活性菌”。成分表也许会提供关于食物中益生菌的更多信息，比如它们的属名和种名。
绝对存在一些并不会提供真实或确切的微生物成分的益生菌产品。一般来说，规范生产商生产的高质量营养品会提供相对可靠的微生物数目，也会表明益生菌的属名、种名和株系名称。但是一部分营养品可能只会提供“生产时产品中的活菌数目”——这并不能保证你在购买或服用该产品时活菌数目仍能保持不变。
而有些不含活性菌的产品也会在标签上生成含有益生菌，或者标注的益生菌含量比实际要高。2013年，独立调查机构所做的调查发现19种益生菌营养品中，有5种实际含有的微生物比声称的要少。有些产品的益生菌含量仅有成分表上的56%，最少的只有表上声称的16%。
误区4：大多数酸奶都是益生菌的优质来源
仅仅因为它是酸奶，并不意味着就有益生菌在里面。有些成分表上写着“活性菌”的一些酸奶的确提供会数以十亿计的益生菌，但并不是所有的酸奶都会有。
所有含活性菌的酸奶都含有保加利亚乳杆菌(Lactobacillusbulgaricus)和嗜热链球菌(Streptococcusthermophilus)，但是一些生产商会在进行巴氏灭菌之后加入其它益生菌，比如嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)、鼠李糖乳杆菌(L.
rhamnosus)以及干乳酪酸杆菌(L.casei)。
误区5：摄入益生菌有利于预防感冒
人们经常会寻求那些可以帮助他们免疫系统运作的产品，以减小患病几率。尽管有一些初步数据提示益生菌可能有助于抵挡感冒，但她表示，目前还并没有强有力的实验结果支持这一观点。
研究者仍然在尝试寻找益生菌有益于免疫系统的具体机制，并从更广泛的角度弄清益生菌对什么状况最为有效。