儿童肥胖可导致循环、呼吸、消化、内分泌、免疫等多系统损害，影响儿童智商、行为、心理及性发育。现将肥胖对儿童身心健康的最主要的十大危害介绍如下：
1.增加患心血管系统疾病的危险
高血压：肥胖儿童患高血压的危险是正常体重儿童的9倍以上，随儿童肥胖率的升高，高血压的发生率也呈增加的趋势。
血脂异常：肥胖儿童血脂明显高于正常儿童，而血脂紊乱是动脉粥样硬化的高危因素。调查发现，超重肥胖儿童患血脂异常的风险均高于正常体重儿童。
早期动脉粥样硬化：肥胖对于动脉粥样硬化的影响在儿童少年时期就已经出现。研究发现，15～24岁男性体质指数与冠脉脂纹沉积的密度呈正相关，肥胖者如合并血压和血脂异常，主动脉的粥样硬化程度则进一步加重。这种病变早期常常无症状，因此早期积极控制肥胖可以降低心血管疾病的风险。腹型肥胖与上述症状的关联更为密切，从而为成年后心脑血管疾病的发生埋下隐患。
2.易患呼吸道疾病
肥胖儿童胸壁脂肪堆积，压迫胸廓扩张受限，顺应性降低，横膈运动受限，影响肺通气功能，使呼吸道抵抗力降低，易患呼吸道疾病。
肥胖是阻塞性睡眠呼吸暂停的一个危险因素。由于儿童气道解剖结构的特殊性，再加上肥胖儿童的咽部常存在扁桃体或腺样体增殖，呼吸时气流不畅，尤其在睡眠时更为明显，引起睡眠时打鼾，甚至呼吸暂停，严重者会引起突然死亡。由于睡眠经常受到干扰，可伴随恶梦、遗尿，晨起头痛和呕吐，白天嗜睡，学习能力和生活质量下降，影响儿童的生长发育。严重和持续的阻塞性睡眠呼吸暂停可进一步引起肺动脉高压和肺心病等威胁生命的心肺疾病。
3.易诱发脂肪肝
超重肥胖儿童少年大量的脂肪进入肝脏内，在肝组织内堆积形成脂肪肝，称为原发性非酒精性脂肪性肝病。肥胖者往往伴有高胰岛素血症，更加剧脂肪肝的发生，可渐渐发展为非酒精性脂肪肝炎，并发生肝纤维化和肝硬化，甚至肝细胞肝癌。脂肪肝在儿童期即可出现，儿童肥胖程度越高越容易发生脂肪肝。我国6～12岁肥胖儿童中脂肪肝发生率约为50%。
4.普遍存在糖耐量低减和空腹血糖受损
肥胖儿童普遍存在糖耐量低减和空腹血糖受损，糖耐量低减和空腹血糖受损一样，都属于2型糖尿病的早期阶段。有调查发现，超重和肥胖组儿童的空腹血糖水平显著高于正常体重组。超重肥胖儿童少年的组织细胞对胰岛素的敏感性下降，产生高胰岛素血症/胰岛素抵抗;当表现为一定程度的餐后和/或空腹血糖高时，便成为2型糖尿病。肥胖程度、体脂分布及肥胖持续时间与2型糖尿病的发病密切相关。
5常常伴随代谢综合征(胰岛素抵抗综合征)
代谢综合征又称为胰岛素抵抗综合征，是糖代谢异常和心血管病的多种危险因素在个体内聚集的状态。儿童少年时期的肥胖往往还伴有其他心血管疾病危险因素，这些因素包括高血压、致动脉硬化性血脂异常(高三酰甘油血症、低密度脂蛋白血症)、左心室肥厚、阻塞性睡眠呼吸暂停以及动脉粥样硬化。过去认为肥胖引起的胰岛素抵抗综合征是成人期特有的，实际上，这些异常在儿童时期就开始了。肥胖儿童少年代谢综合征发病率高，8～9岁即可出现，无性别差异;腹型肥胖更易增加危险因素聚集。儿童期肥胖引起的代谢综合征危险因素聚集可以延续到成年期，对成年期健康带来不良影响，其后果是增加了过早死亡的危险性以及长期慢性疾病状态引起的生命质量下降和沉重的疾病负担。
6学习能力下降
肥胖儿童少年由于体胖而活动受限，运动能力较低，对外界的感知、注意和观察能力下降，影响学习效率。有研究发现，超重儿童在阅读和数学能力方面的得分低于正常体重儿童，肥胖儿童在体育成绩、学习成绩上低于正常儿童。
7.心理-行为问题
超重肥胖儿童少年体型臃肿，由于对自己体型不满，缺乏自信，他们不能积极主动参加各种集体活动，害怕与人接触，逐渐产生退缩、回避、自卑心理，喜欢独处，形成内向性格，表现出社会适应能力和交往能力下降的个性心理特征和行为特征。同时还要面对社会偏见等舆论的压力，影响他们的在学校表现和社会交往的能力，经常表现出明显的抑郁和较低的自我评价，自信心不足、自卑感明显。久而久之会使儿童对人际关系敏感、性格内向、社会适应能力低，影响儿童心理健康。肥胖儿童男性的多动、违纪、攻击性行为、强迫、敌意等行为表现突出，部分还有行为幼稚倾向，情绪稳定性差、易激惹。心理和行为方面的损害还会延续到成年，对成年后的心理、行为以及社会适应等都会造成持续而严重的不良影响。
8无节制的饮食失调症
超重肥胖儿童少年容易采取一些非正常的节食行为试图改变自己的体型，其中包括服用减肥药、催吐、长时间不进食及服用泻药等，最后可导致神经性厌食。这种行为还可形成补偿性的无节制进食，表现为过度进食、没有饥饿感时也进食、独自进食，并感觉抑郁和内疚，称无节制的饮食失调症。饮食失调症和肥胖儿童的抑郁和个性障碍等心理精神损害有关，在普通人群中的发生率为2%～5%，在超重和肥胖人群中发生率为30%。当肥胖儿童少年因体型和体重而受到嘲笑时更易发生进食障碍，包括异常的过度进食，从而导致超重肥胖的持续和加重。也有部分肥胖儿童少年在同伴及环境的压力下，追求苗条体型，长期节食，可转化为神经性厌食，同时伴有抑郁、自杀倾向等心理问题。
9.肥胖儿童性早熟
肥胖儿童(女孩在6～7岁、男孩在7～8岁时)会出现男性血睾酮含量及女性血清脱氢表雄酮硫酸酯含量明显高于正常儿童，体脂增多可引起肾上腺激素分泌量增多，可以表现为阴毛长出、轻度的骨龄提前，出现性早熟。
10多囊卵巢综合征
是一种常见的可引起女性无排卵性不孕的单独的内分泌疾病，以女性不规律月经、痤疮或多毛、以及肥胖为主要临床表现的一组综合征。其主要的生化改变为功能性而非器质性的高雄激素血症，可以发生在儿童少年时期。肥胖通过高胰岛素血症，直接作用卵巢或通过促进下丘脑和垂体间接作用卵巢，或作用于肾上腺,促进合成过多雄激素;肥胖也可通过作用于外周组织，使血清雄激素合成或转化增多。肥胖虽然可能不是多囊卵巢综合征的直接致病因素，但可使多囊卵巢综合征患者的临床表现更为明显。当肥胖少女有痤疮、多毛和月经不调时应到医院就诊，由临床医生进行诊断是否属于多囊卵巢综合征。