在有些情况下，病毒、细菌、辐射或化学物质会破坏父母双方或一方的染色体，影响胎儿的正常发育，从而造成畸形。导致胎儿畸形的因素几乎数不胜数——母亲在怀孕期间患的各种疾病，服用的各种药物以及接触的各种有毒物质都有可能导致胎儿畸形。尽管在绝大多数病例中尚无法确认造成畸形的具体因素，然而，人们已知的可能导致胎儿畸形的药物，化学物质和细菌的种类正在不断增多。
只要孕妇在孕期的某个关键阶段经常接触某种因素(当然，胎儿是间接接触)，这种因素就可能是造成胎儿畸形的特定原因。一般说来，怀孕的头3个月是胎儿发育的关健阶段。到这3个月结束时，胎儿虽然还小，但身体各部位已经发育完成。例如，一位妇女如在怀孕的前3个月内患了风疹，她生下的孩子就可能畸形。母亲在这3个月后患风疹一般不会危害胎儿。
造成胎儿畸形的最惊人和恶名最大的药物，莫过于酞胺哌啶酮。50年代末和60年代初，许多孕妇都服用过这种表面上“安全”的镇静或抗恶心药物，结果使数以万计的婴儿一出生就身体畸形，四肢缺损或患有其他特殊的异常。“酞胺哌啶酮患儿”一般表现为缺肢畸形，即四肢极短或完全没有四肢，手足直接与躯干相连。
酒精的危害虽然不像酞胺哌啶酮那样惊人和恶名远扬，但是，在现代生活里，它可能是使用得最频繁的造成胎儿畸形的物质。人们发现，啤酒、葡萄酒和其他各种酒类所含的乙醇能够致癌，引起身体异变和造成产儿有缺陷。孕妇饮酒过量，所生的孩子便可能患眙儿酒精综合征(酒精胚胎病)。迄今为止，这种综合征是人类中最常见的造成胎儿畸形的损害，其程度从轻度到重度不等，所造成的后果包括胎儿和婴儿发育不良、脑损伤、弱智、多动症、面部畸形和心力衰竭。
孕早期易致胎儿畸形的5大不良习惯
体温升高
发热是常见的致畸因素。热度越高，持续越久，致畸性越强。因此，早孕期要注意冷暖，避免接触发热患者，少去空气不洁、人员拥挤的公共场所等，尽量避免患发热性疾病。发热的致畸性常超过病源。例如细菌性感染，细菌常不致畸而发热致畸。一旦发烧应马上去医院及早降温治疗。
其它造成体温升高的问题，如高温作业、桑那浴、热盆浴等均不适于早孕妇(孕妇食品)女，孕早期均应避免。
烟酒
吸烟或被动吸烟都会影响胎儿发育。目前虽未见明显引起胎儿畸形的病例，但造成出生低体重儿、发育迟缓儿极常见。如果烟、酒持久刺激直到儿童(儿童食品)期，亦将影响其成年后的身体。因此孕妇本人不吸烟，也要回避受烟污染的环境。人人均应注意公共道德，不在公共场所吸烟，以免伤害他人和后代。
酒精是公认的致畸物。酗酒的丈夫精子质量可能受影响。孕妇饮酒胎儿致畸率极高，酒精综合征患儿多处畸形、发育迟缓及智力低下。因此孕期，尤其早孕期应绝对忌酒。如果月经过期，虽尚未诊断妊娠，也忌酒观察。
滥用药
孕期生病必须治疗，但不得滥用药物，因有些药物对胎儿发育有不良影响。因此有病要请医生治疗，无论得的是什么疾病，均应向医生说明自己已经怀孕，以便医生治疗中注意选择药物。
先兆流产盲目保胎
先兆流产有时是胎儿发育不良的预报。因此保胎要注意寻找流产原因，如以母亲因素为主，常见外伤、子宫有肌瘤或子宫畸形、有内分泌失调史等因素，可以积极保胎。如果考虑为胎儿因素，则不应积极保胎，以免保住异常儿。时常在原因不明情况下流产治愈，仍应仔细观察胎儿发育，以便及时发现异常。
接触对胎儿有毒、有害的物质
孕妇在工作中或生活中都应注意尽量避免接触有毒、有害物质。例如放射线、农药、铅、汞、镉等物质。职业接触的物质性质不明时，可向医生咨询，以便能控制接触时间、剂量等条件，做好防范工作，可不至贻害胎儿。
怎样预防胎儿畸形
要认真对待婚前医学检查，通过检查发现的一些疾病，如乙肝、性病等，这些疾病都是会影响后代的健康，引发胎儿畸形，只有治愈后才能怀孕;
做好怀孕前的准备工作，不要盲目怀孕，做到有准备、有计划的怀孕，进行一些必要的检查，如风疹病毒检测。风疹病毒感染会导致胎儿先天性的心脏病及先天性的耳聋，可以通过打风疹疫苗来预防风疹病毒感染;怀孕前三个月可服用“斯利安”叶酸片，以防胎儿神经管的畸形。
避免在春冬季怀孕，春冬季病毒较多，在春冬季怀孕的胎儿畸形发生率明显高于夏秋季。
怀孕后立即建立围产保健卡，定期检查，14-20周时可做唐氏筛查，28周前做B超检测等，这些检查都可以在怀孕早期查出胎儿是否畸形。
防止生殖道感染性疾病。生殖道感染性疾病主要是由于不洁性行为引起的，因此要规范性行为，已确诊的要及时治疗，孕妇发现自己分泌物有异常的也要及时就医，不能因为怀孕而拒绝用药甚至讳疾忌医。
最容易造成胎儿畸形的原因大多数是不良的生活习惯哦。