胃肠功能紊乱
临床观察到，约有一半以上的黑苔患者有腹胀、便秘、恶心、胃口不好等胃肠道症状，胃肠功能紊乱是机体中毒的症状之一，由于细菌毒素的刺激使胃肠功能失调，使口腔唾液的pH值降低，增加了舌细胞间的粘着力，使丝状乳头角质突起延长，容易被微生物染成黑色，形成黑苔。
中枢神经系统功能失调
精神紧张时会引起中枢神经系统功能失调时，可引起口腔内酸度增加，有利于产色霉菌的生长从而出现黑苔。
感染高热
临床观察50例舌上出现黑苔的患者，有36例具有不同程度的发热，其中发高热者20人，低热者16人。大部分人在发热过程中出现黑苔，有的人在高热退后，黑苔也消退，但至第二次发热时，黑苔又重复出现，证明发热与黑苔的出现有一定的关系。此外，黑苔与发热时间的长短也有关系，在上述病例中，最短的发热4天后就出现黑苔，最长的发热80天后方才出现黑苔。大部分病例在发热2周后，出现黑苔，平均为20天左右，可见发热时间越长，黑苔出现也越多。
舌苔发黑最常见于一些食物引起的，如黑芝麻糊等，或药物，如铁剂等很容易将舌苔染黑。当你的现象可能与食物有关,但你最近服用了几种药物,也不除外药物的因素，如果你舌苔发黑是与用药和食物有关,这只是暂时的现象，过后就没有这样的现象了,所以不必担心。
在人的口腔里(包括舌苔上)生长有各式各样的细菌、霉菌等微生物，它们平时互相制约，保持着一定的平衡状态，对人的健康也没有什么妨碍。如果因为疾病的需要，应用了大量多种广谱抗生素，那么这些微生物的平衡状态就会被打破。一些对抗生素比较敏感的细菌被杀灭，而相对不怕这些抗生素的霉菌却乘机大量生长。由于霉菌大都会产生各种颜色，因而就可在舌头上出现从棕色到黑色的各种苔色，停用抗生素后可以自然恢复。
然而也有人并没有用过抗生素而出现黑苔。例如有些长期发热的人，可出现焦黑苔，中医
认为是热极化火，火把舌苔“烤焦”了而形成黑苔。有一些慢性病，例如尿毒症、恶性肿瘤等，在病情恶化时也会出现黑苔，这是病情危急的征象。
当精神处于高度紧张的状态时，也会出现黑苔。例如，怀疑自己患癌的“恐癌症”病人，有的没有几天舌苔就黑了，舌根部苔很厚甚至像毛发那样由后向前倾倒，等到检查后排除了癌肿，思想顾虑解除了，常可以无药而愈，黑苔自然消失。有人解释，在精神紧张时，口腔内酸度增加，有利于霉菌的生长。